機能的に第一種熱交換換気が全ての面で、第三種換気に比べ優れているのでしょうか?
(もちろんコストは一種換気の方が高いですが)
第三種換気は第一種換気に比べ、メンテナンス性は圧倒的に優れています。

出典:ジェイベックDOMEOカタログより
熱交換換気は、フィルターの清掃の頻度が高く、3~4か月に一回はフィルターを清掃する必要があります。
熱交換素子に入る前にフィルターで埃をとらないと、素子が詰まってしまうため、給気側と排気側、2つフィルターがあります。
それを、年に3~4回清掃する必要があります。
使用状況によって差はありますが、全く清掃していなく1年点検の際フィルターが目詰まりして、ほとんど換気されていない状況になっていたという経験があります。
換気がされないと、室内の空気室が悪くなるだけではなく、結露発生の原因となります。
また、ファンモーターに負荷がかかり、故障の原因となります。

出典:日本住環境ルフロカタログより
それに比べると、第三種換気は年に一回の清掃で性能を十分保つことができます。
また、構造がシンプルなため清掃を怠ってもダメージは少ないです。
よって、換気装置の清掃において、第三種換気の方が圧倒的に優れています。